西历 2099 年,人类遭受神秘外星人「COSMIC CNIDARIAN(C.C)」的侵略。人类面对神秘的外星生物,丝毫没有还击之力,人类面临灭绝的危机。就在这时,人类统合军发现一些花季少女可以透过变身成为「魔法少女」对抗外星人!